22/12/2013   3 3 1 3 3 3 4 3 4 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 H Y Y 4 6 5 5 C C 4 4   5 5 3 3 5 5 6 4 4 5 4 4 4 5 5 4 4 5 4 4 4 5 4 6 5 4 5 6 4 5   7 4 6 4 5 7 7 7 5 5 5 5 5 4 5 6 5 6 4 4 4 A 4 4 B 5 7 5 6 5 7 5 5 5 5 7 6 5 6 4 5 4 4 4                                              
k nordtvedt   9 9 9 9 8 8 2 8 3 8 9 8 5 5 5 5 5 4 3 4 4 6 6 6 6 6 4 C C 5 0 7 7 D D 4 3   3 7 9 9 9 3 4 7 0 1 2 1 1 5 9 3 9 3 5 4 8 2 4 1 6 8 7 4 9 6   1 8 3 9 4 1 1 1 0 5 4 8 2 9 3 3 7 3 6 5 4 1 6 4 0 2 1 9 5 3 1 0 1 6 5 2 3 8 4 9 1 3 6 3                                              
    3 0   1 5 5 6 8 9 9 2 9 8 9 9 5 4 7 7 8 9 4 4 4 4 0   A A 6 7 6 0 Y Y 2 8   1 8 5 5 0 7 1 2 6 1 5 3 3 7 4 6 0 4 0 4 1 0 6 7 8 7 2 0 2 5   0 5 2 5 0 4 6 7 5 6 9 9 2 4 3 6 5 8 2 2 5 0 3 1 7 5 2 3 0 2 5 4 3 1 2 6 5 7 3 7 0 4 1 5                                              
            a b       1   2   a b             a b c d     a b         a b           a b               a b                                                                                                                                                                          
  mut rate-> 0.76 3.11 1.51 2.65 2.26 2.26 0.09 0.22 4.77 1.86 0.52 2.42 8.14 1.32 1.32 0.16 0.16 2.64 0.99 1.35 8.38 5.66 5.66 5.66 5.66 4.02 2.08 1.23 1.23 7.35 4.11 10.22 7.90 35.31 35.31 3.24 0.55   0.26 0.10 0.27 0.27 0.07 0.53 0.07 0.04 1.21 1.28 0.10 2.52 2.52 4.97 0.32 0.22 0.19 10.43 0.15 2.96 5.31 1.66 3.14 0.62 0.35 0.92 1.89 0.47 0.15 0.56             8.4 4.8 5.2                     0.53 1.74 0.95 3.79 1.62 1.32 0.93                     1.8 2.36           2.30                                                
  <-------->         This rose color means clade needs snp tag(s)                                                                                                                                                                                                                                                                      
  TMRCA                                                                                                                                                                                                                                                                                
Basic I1* 4500 bp 13 22 14 10 13 14 11 14 11 12 11 28 15 8 9 8 11 23 16 20 28 12 14 15 16 10 10 19 21 14 14         12 10   11 8 15 15 8 11 10 8 9 9 12 23 25 15 10 12 12   8 13 25 20 13 13 11 12 11 11 12 11     12 8 17 12 24 27 19 11 12 12 13 11 9 11 11 10 12 12 31 11 13 21 16 11 10   15   11 24 17 13 15 25 12 21 22 18 12 14 18 9 12 11                                              
Clades                                                                                                                                                                                                                                                                                  
I1xL22                                                                                                                                                                                                                                                                                  
AS1 Z140+ L338+ 1850 bp                                   22     26       15 11 9     15 15 16                                   22                                                                                                                       17                                                    
AS1H 400 bp           13     12     27           22     26       15 11 9     15 15 17                                   22                                                                                                                       17                                                    
AS11616 2100 bp                                   22     27       15 11 9     16 16 16                                                     26                                                                                                                                                          
AS114 800 bp                                   22     26         11 9     15                                                         26                                                         13                                                                                                
AS8 L338+ 2000 bp                                   22     26     16 17 11 9     15 15                                 10   22               14                                                           13                                           17                                                    
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS889           14 15                 8     22     29 14 15             13                                 8                     12     14                                                                 9                                                                                    
AS814 Z140+ 1700 bp                                   22           14 15 15                                           8     22                     14                                                                                                                                                      
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
I1-Pan 1650 bp             10         29           22           14 15                     13                           22               14                                                                                                                                                            
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
F2642+ AS5   14         13   16                   22             15                                                 22                                                           13                                                         15                                                      
AS5a   14         13   16                   22             15                                                 22                             10                                                                                                                                              
AS6 F2642+   14                                 22       14 14 15 15                                                 22                                                           13                                               26         15                                                      
14/22 Complex 2400 bp 14                                 22             15                                                 22                                                           13                                                         15                                                      
AS1312 Z140+       13                 27 16         22 15       12                                                                           14                                                           12   15                                                                                      
Nor31         14 15                               31                                                           23                                                                                                                                                                          
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS9/AS16 Z73+ L1302+ 2200 bp     15 16                   16               29       15                     11                                                                                                                 15         19       12         19                                                          
AS9/AS16 L1302-       15 16                   16               29       15                     11                                                                                                               20           20       12         19                                                          
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
L803+                                            29     16       21                                                               19                             23           14           11                     20     18                 19                                                    
L573+ 900 bp   23                                         15   15                                                                                                             11             10                                                                                                  
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS3 Z382+ 2900 bp                         14         24     30   15 16                       13                                                                             25                                   15             25                       11                                                
AS3911                   12   9                 19 29       17   11     15                                                             14                                                     11         15               16   16                 13/14                                                
I1-Sw Z382+                     13   29 14         22   19 30         9                                                                                                                                                                                                                            
AS13 Z2040+       15                 29 14             21 29                 13                                                           18                   30     16                             13                                                                                                
AS1015 Z59+ Z60- Z382-                   12 13     29                           11       15                           10                           14     15         10                                                                                                                                            
AS1911 Z382+ 800 bp       11   13   15       29           24   19 29                 15                                             11                                                                                                                                                                      
AS2514       15                   14                                             13                           25         14 14   12 26                           18   25                                   15           13 25                       13                                                
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS10a                   12 13   29                 29       15                                                                 12   19 14     13 10               16 11                                                 12     14           13   17                                                    
AS10b       15             13   29 16               30                                                                               14     13 10                             11                                     13                 13   17                                                    
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS2 Z138+ Z2541- 1600 bp         14     16                         29         11       15                             11                   13           14                                   13                           15             25           22       20   11                                                
ESc13 Z2541+ 2000 bp           15                             30     14           15                                                                   13                                                                                                                                                
AS1221 Z139+   12 21       15                             29                             11                                             27           10                                                                                                                                              
AS1010.2 Z138+ Z139+             15         10                       12 14                                       10                                                                                                                                                                                        
AS10910 Z138+ Z2541-     23       13     10                             14     9                                                                           10                                                                                                                                              
AS1313 Z138+                         29                           11         13                                                                 13                           10                                       17         16                                                                  
AS1414       15           12                       29         11       15           13 14                                           14                                       12     12               32   12                         26       13                                                        
AS917                           14 9             29       17 11 9       13                                                     12                                                                                                                                                            
AS112413                           16               29       15 11                                                 24     11                   13                                             10                                                                                                  
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS22             16                                             22                                                               12                         13       10                                                                                                                    
I1-T2 Z63+ L1237+ 3200 bp   23                       7                                                                                         27                                                                             18       12 16                                                                  
I1-T2EB Z63+     23                       7       22                                                   12     8                       27     12                                 11                                     18       12 16                                                                  
I1-T18 L1237+                             7                           18                                             23             14 27 21           12             16                 12                 14             17 12 23   12 16 26       11                                                        
I1-T10     23 15                   16 7                 12 14                                                         11           27   10                                                           14     10                       19                                                            
I1-Iber Z63+     23   11   15                       22                                                                                                                                                                                           11                                                
AS159 Z63+ L1237- xxx 15 23     14 13             16               29       17                     13                           25 25           9   26                                           11                                           16                                                                  
AS122410   12                                 24     29 30       15                                                   24                           10                                                                                                                                              
AS121230   12       14           12   16         24     30       15 11                                                                                                                                                                                                                            
I1-Yk Z63+ 1000 bp 12       14                               30       15 9                   11                                                                           11           11                                         15         24                                                            
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
ASrec9           14         13   29   9 9             14 14 16 16                 x x                                                   14         9                                                       12                                                                                    
AS1511 need snps     15     15       13   29                                                                                                   11                                                                                                                                                    
AS1512 need snps         13 14             29                     15             16                                                   17     27   12       10                         12   11                 32                     23                 15 17   13                                                
AS1111 need snps       11 14               14               29                 15 15           11                   10                                                                                                                                                                                  
AS161616           14               16                     16                                                                                                                     10           30                 15                       19                                                    
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS1212 1900 bp 12       14       12   12   16                               20                                                             21                                                                                                                                                        
AS121210 DF29- Z131-                                                             15                           12                                 12       10                                                                                                                                              
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS1310 Z131+             16                                               13                                   10       16                                         16                     10   8                       18                 19     19   11                                                
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS2122 DF29*     21       15             16         24               11     22                                                     12   12     14                                                                                         23                                                            
Mav11 DF29*     23     14 14 15             16                                                                   10                                       11               23                                                   15                                                                      
AS12 DF29*           14       13                       29 30                 16 17                                                             11                                                                                                                                                      
AS4 DF29* 1000 bp     15                                   29   13 14 15 9                                                                     14                           25 28                                               25                                                                        
P1a DF29* 1800 bp       11 14           12             24         15                                                                           14                           23                                             18         13                                                                  
P1b DF29* 1800 bp       11 14           12             24                                                                                     14                           23                                             18         13                                                                  
P2 DF29* 2700 bp       11 14 15         12                                                                                                                               23                                             18         13                                                                  
ML DF29* 1500 bp         12                         24     29                             11         14             10                                                 16         12                                         12                     17                                                    
AS1114 DF29* 2630 bp         14         13   29                 30           11 12                 13                                           11       14                                 11               11                           16     26                                                                
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AS7E1 L1274+ 475 bp         14 15         12                             9       15     20                                   23                             11                         13+                                                                                                                  
AS7E2 L1275+ 1450 bp         14 15         12                             9             22                                   24 25                             12                         13+                                                                                                                  
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
I1b M227 3000 bp         14                             21       6 copies                                                                                                               13                                               26                                                                
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
I1-SwF           14       13                 24     30       17         13 15                         12               14           14       14                                   13       12                           18                                                                            
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
Basic I1* 4500 bp 13 22 14 10 13 14 11 14 11 12 11 28 15 8 9 8 11 23 16 20 28 12 14 15 16 10 10 19 21 14 14         12 10   11 8 15 15 8 11 10 8 9 9 12 23 25 15 10 12 12   8 13 25 20 13 13 11 12 11 11 12 11     12 8 17 12 24 27 19 11 12 12 13 11 9 11 11 10 12 12 31 11 13 21 16 11 10   15   11 24 17 13 15